Infeksi virus Nipah dapat menimbulkan gejala yang sangat bervariasi dan berpotensi fatal. Pada tahap awal, gejala yang muncul mirip dengan flu, seperti demam, sakit kepala, nyeri otot, dan kelelahan. Kemudian, pada tahap lanjut, pasien dapat mengalami komplikasi pada sistem pernapasan seperti pneumonia, bahkan hingga gagal napas. Selain itu, virus Nipah juga dapat menyerang sistem saraf pusat, menyebabkan gangguan neurologis seperti kebingungan, kejang, dan bahkan koma akibat ensefalitis.
Menurut Prof. Tjandra Yoga Aditama, yang merupakan Mantan Direktur Penyakit Menular WHO Asia Tenggara, angka kematian akibat virus Nipah pada kondisi berat bisa mencapai 40 hingga 75 persen. Dia menekankan bahwa dua masalah utama yang sering muncul adalah gangguan paru-paru dan gangguan otak, yang meningkatkan risiko kematian secara signifikan. Oleh karena itu, penting untuk mengenali gejala infeksi virus Nipah dengan baik agar penanganan dapat dilakukan lebih cepat dan tepat.