Situasi persebaran hantavirus di Indonesia masih belum banyak diketahui menurut data resmi Kementerian Kesehatan melalui laman Infeksi Emerging. Namun demikian, penelitian menunjukkan adanya infeksi hantavirus dan virus Seoul di Indonesia. Penelitian Riset Khusus Vektor dan Reservoir (Rikhus Vektora) oleh Balitbangkes tahun 2015-2018 menunjukkan bahwa infeksi hantavirus pada rodensia tersebar di berbagai tipe habitat seperti pemukiman, lahan pertanian, dan hutan. Temuan ini menegaskan bahwa virus tersebut berpotensi ada di Indonesia dan perlu diperhatikan lebih lanjut oleh sistem surveilans kesehatan nasional.