Honda menunjukkan performa yang luar biasa melalui pembalapnya, Joan Mir, dalam upaya merebut pole position di MotoGP Jepang 2025. Namun, upaya tersebut terhambat oleh aksi Francesco Bagnaia di sesi kualifikasi dua di Sirkuit Motegi. Pembalap Spanyol, Pedro Acosta, mengalami masalah teknis yang memaksa dia untuk kembali ke pit lebih awal, sementara Marc Marquez dan Bagnaia saling bersaing merebut posisi terdepan. Meski sempat terpuruk, Alex Marquez dan Fabio Quartararo juga berusaha untuk mengejar ketertinggalan mereka.
Setelah istirahat di pit, Marc Marquez berhasil kembali ke posisi teratas sebelum akhirnya Joan Mir mengalahkannya dengan catatan waktu yang lebih cepat. Namun, harapan Honda untuk meraih pole position pertama di MotoGP 2025 sirna ketika Bagnaia kembali menunjukkan performa terbaiknya di sesi kualifikasi dua. Kedua pembalap tersebut saling berkompetisi ketat dalam upaya meraih yang terbaik di lintasan Motegi, Jepang. Hasil kualifikasi tersebut menunjukkan persaingan yang sengit antara para pembalap di tahun tersebut.