Sebelum mencapai kesuksesan dengan Mohammad Ahsan, Hendra Setiawan telah menorehkan prestasi gemilang bersama Alm. Markis Kido. Pasangan Kido/Hendra mampu mendominasi ganda putra pada usia muda dan menduduki peringkat satu dunia pada tahun 2007. Mereka berhasil meraih berbagai prestasi mulai dari meraih medali emas SEA Games 2005 di Manila, gelar juara Asian Badminton Championship 2005 dan BWF World Championship 2007, hingga meraih medali emas di Asian Games 2010 di China. Namun, prestasi yang paling dikenang dari Markis Kido dan Hendra Setiawan adalah saat mereka berhasil meraih medali emas di Olimpiade Beijing 2008. Pada saat itu, mereka keluar sebagai juara setelah mengalahkan ganda putra asal Tiongkok, Cai Yun dan Fu Haifeng, dalam pertandingan final dengan skor rubber game 12-21, 21-11, 21-16 pada 16 Agustus 2008.