Karena aktivitas politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan, tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga SD. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas ternama di Amerika, meskipun ia memiliki prestasi tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Rumah kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang kemudian menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil menjadi kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjadi editor-in-chief majalah sekolah. Tidakably, pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
